В далёком прошлом на Луне существовало королевство — Серебряное Тысячелетие. Оно мирно сосуществовало с Землёй. Принц Земли Эндимион и принцесса Луны Серенити полюбили друг друга, но люди, охваченные тёмной силой, напали на Серебряное Тысячелетие. Воспользовавшись силой Иллюзорного Серебряного Кристалла Королева Серенити сумела остановить захватчиков, но её королевство было уничтожено. Всё, что смогла сделать Королева Серенити, это устроить так, чтобы её дочь и её воины-хранители родились вновь в будущем в мирное время и смогли прожить там счастливую и спокойную жизнь.

Главная героиня «Сейлор Мун» — Усаги (в переводе первых трёх сезонов аниме — Банни) Цукино. Она была обычной школьницей, пока не встретила говорящую кошку Луну. Луна помогла Усаги пробудить свои силы и научила девушку превращаться в Сейлор Мун, чтобы сражаться со злом, пытающимся захватить Землю. В сражениях к ней присоединились и её подруги — другие воины в матросках.

С развитием сюжета сейлор воины узнают больше о своих врагах и силе, направляющей их. В то же время раскрывается правда о их прошлых жизнях и о будущем солнечной системы.

Сюжет делится на пять основных сюжетных арок, каждая из которых была представлена и в манге, и в аниме. Их названия: арка «Тёмное королевство», арка «Чёрная Луна» (Sailor Moon R), арка «Бесконечность» (Sailor Moon S), арка «Мечта» (Sailor Moon Supers) и арка «Звезды» (Sailor Stars). В аниме демонстрируется дополнительно небольшая арка в начале второго сезона и первые серии пятого Sailor Stars завершают сюжет предыдущих серий.

«Сейлор-Мун — луна в матроске» (Sailor Moon; 1 сезон аниме)

В первой серии сезона обычная японская школьница Усаги (Банни) Цукино по дороге в школу спасает от издевательства детей чёрную кошку с отметиной в форме полумесяца на лбу. Позже эта кошка приходит к Усаги домой и рассказывает ей, что та не простая школьница, а воин — Сейлор Мун и что она должна найти других воинов и Лунную Принцессу, чтобы победить их врага — Тёмное Королевство. Борьба с демонами оказалась не такой простой, как показалось Банни на первый взгляд, однако у неё в первых же сериях появляется защитник — незнакомец в чёрном плаще и маске, появление которого предвещает красная роза.

Усаги удаётся найти ещё трёх воинов в матроске: Сейлор Меркурий, Сейлор Марс, Сейлор Юпитер, но одновременно с этим у Тёмного Королевства тоже появляются новые воины: Нефрит, Зойсайт и Кунсайт (а до этого её главным врагом был Джедайт). Нефрит в процессе поиска серебряного кристалла влюбляется в подругу Усаги — Нару и даже собирается перейти на сторону сейлор воинов, но его убивают демоны Зойсайта.

Вскоре Зойсайт узнаёт, что Мамору скрывается за маской Такседо Маска и ранит его ножом в плечо. Чтоб отобрать Радужные кристалы у Такседо Маска, он заманивает его в ловушку. Усаги, увидев что Мамору ранен, следует за ним, но тоже вместе с ним попадает в ловушку Зойсайта. Зойсайт хотел убить обоих, но Усаги раскрывает себя и превращается в Сейлормун. Тогда Зойсайт атакует Сейлормун, но Мамору, превратившись Токседо Маска, закрывает её собой. Слеза Усаги пробуждают Серебряный Кристалл а вместе с ним воспоминания о прошлом и все узнают что настоящая принцесса Луны Серенити — Усаги, а Мамору — принц Земли Эндимион. До всех этих событий появляется пятый воин в матроске — Сейлор Венера с верным другом котом Артемисом.

Тем временем в Тёмном Королевстве Королева Берил решает воскресить короля Металлию, для чего ей нужен Серебряный Кристалл. Она отправляет Кунсайта за раненым Такседо Маском и когда тот похищает его, превращает Такседо Маска в Тёмного Эндимиона, передав ему часть энергии короля Металлии и отправляет его забрать у Сейлор Мун Серебряный Кристалл.

Усаги пытается заставить Мамору вспомнить о том, кто он. Эндимион не может забрать у Сейлор Мун Серебряный Кристалл, каждый раз находя новые отговорки, тогда Кунсайт берёт дело в свои руки и, заманив сейлор воинов на северный полюс, убивает их по одному с помощью сестёр-демонесс. В конце Усаги остаётся одна, но её любовь к Мамору и желание чтобы смерть подруг не оказалась напрасной, помогает ей победить Королеву Берилл и уничтожить Тёмное Королевство.

Все воины возрождаются, однако они теряют память и не помнят, кто они и что они были когда-то знакомы…

«Сейлор-Мун снова с нами» (Sailor Moon R; 2 сезон аниме)

Данный сезон включает в себя две истории: про Дерево Мира Духов и про Хрустальный Токио и войну с Немезисом.
Нашему миру снова грозит опасность и опять требуется помощь воинов. Но после битвы на Северном полюсе они ничего не помнят и вернулись к обычной жизни, они даже не знают, что когда-то были знакомы. Позже они встречаются и вспоминают о прошлых жизнях. Случается это очень вовремя — на Землю в районе Токио падает метеорит, а вместе с ним новые враги — Эйл и Анна. У пришельцев есть волшебные карты Таро, с помощью которых они освобождают демонов-кардьянов, а также Древо Мира Духов — разумное растение и предок их расы, последними представителями которой Анна и Эйл являются. Под видом брата и сестры, Седжуро и Нацуми Джинго, они проникают в школу Усаги и начинают собирать энергию людей, без которой сами Чужие и Древо погибнут.
Мамору теряет память, и теперь борьбу за его любовь начинают Усаги и Анна. Седжуро же влюбляется в Усаги, а в него — Макото. Одновременно с этим на помощь сейлор-воинам приходит таинственный Рыцарь Лунного Света, уж очень похожий на Такседо Маска. Против новых врагов у девочек не хватает сил, и тогда они получают новые жезлы и атаки! В итоге поверившие в добро Чужие вместе с ростком очищенного Древа улетают на поиски нового мира, а Мамору вспоминает своё прошлое и возобновляет отношения с оданго-атамой. Однако история не окончена — на Усаги неожиданно сваливается «сестра» — вредная, очень похожая на неё девочка по имени Чибиуса. Как выясняется, она является будущей дочерью Усаги и Мамору, отправившейся в прошлое, чтобы найти Серебряный кристалл, утерянный в её времени.

В Хрустальном Токио будущего враги — изгнанный когда-то с Земли на ледяную планету Немезис Клан Тёмной Луны, сообщество революционеров-аристократов, готовы уничтожить их мир. Король Эндимион и королева Нео-Серенити не в силах защитить планету без Серебряного кристалла, а воины-хранители ещё недолго смогут продержаться, чтобы не дать планете пасть окончательно.

Понимая, что кристалл — ключ к победе, немезисцы тоже совершают путешествие во времени, желая завладеть кристаллом ещё в прошлом. Чтобы защитить мир от поползновений новых врагов, реальная мать Сейлор Мун из прошлого — королева Селенити, дарует ей новую силу. Первыми охоту за Чибиусой начинают четыре сестры-преследовательницы: Петцайт, Калаверайт, Бертрайт и Кермецайт, а командует ими глава вооружённых сил Немезиса — Красный Рубин (Кримсон Рубиус). Помимо поиска Чибиусы, сёстры занимаются размещением Тёмных Клиньев, чтобы уничтожить энергетический центр Хрустального Токио. Одна за другой сёстры-преследовательницы переходят на сторону добра и становятся обычными людьми, а Красный Рубин похищает Чибиусу и сейлор-воинов на свой НЛО, но те сбегают с его корабля с помощью сейлор-телепортации. На охваченной огнём летающей тарелке появляется ещё один член Клана Тёмной Луны — Зелёная Изумруд (Грин Эсмеруд), которая оставляет погибать своего коллегу в страшных муках, а сама занимает его место. Изумруд продолжает устанавливать Тёмные Клинья, она, в свою очередь, подчиняется двум принцам Немезиса — Алмазу и Сапфиру, в первого она тайно влюблена. Алмаз остаётся равнодушен к её чувствам, в его сердце живёт любовь к новой королеве Сиренити, которая благополучно уснула по его же вине, защищая Хрустальный Токио. Когда воины отправляются в будущее, чтобы спасти город, Алмаз подмечает удивительное сходство Сейлормун с будущей королевой и похищает её. Сейлормун не отвечает на его пламенные чувства и сбегает с лёгкой руки любимого Мамору. Понимая, что для Алмаза она только член команды, Изумруд решается на отчаянный шаг — попросить помощи у коварного и таинственного Мудреца, который выполняет роль местного оракула. Он обращает её в страшного змея. Изумруд нападает на воинов, но они побеждают её. В тоске после поражения она погибает. Эта участь постигает и несчастного Сапфира, который узнаёт о планах Мудреца погубить Землю, и пытается ему помешать. Случайно Мудрецу открывается истинная правда о силе Чибиусы. Играя на её чувствах, он заманивает её к себе и обращает в Тёмную Леди. При этом из маленького ребёнка она превращается в юную девушку. Воины пытаются вернуть её, но терпят неудачу. С её помощью Мудрец открывает Тёмные врата, которые должны погубить Землю. Тем временем Алмаз предпринимает ещё одну попытку добиться любви Сейлормун. Она оборачивается для него трагически. Защищая её, он погибает. Сейлормун и Мамору удаётся вернуть Чибиусу. Чувствуя свою вину за произошедее в прошлом (она явилась прямой виновницей исчезновения серебряного кристалла) Чибиуса помогает Сейлормун расправиться с Мудрецом и защитить мир.

«Сейлор-Мун — супер воин» (Sailor Moon S; 3 сезон аниме)

У девочек появляются новые враги — профессор и служащие ему ведьмы, которые собирают чистые сердца для возрождения мессии тьмы, которой должна стать маленькая девочка Хотару Тому, подружка Чибиусы. Чибиуса же вернулась в прошлое, где стала Чиби Сейлор Мун. Кроме неё, девочкам стали помогать также Сейлор Уран и Сейлор Нептун, которые заняты только поиском сердец и мессии. Также появляется Сейлор Плутон и, соединив их талисманы, появляется чаша «Святой Грааль», которая превращает Усаги в Супер Сейлор Мун. Но ещё до этого появляется другой новый жезл Усаги, который родился от её с Мамору любви. По сути, атака Супер Сейлор Мун — это усовершенствованный «жезл любви». Во время сражений с демонами у Хотару тоже просыпается странная, неуправляемая сила. Сначала воины этого не замечают, потом беспокоятся, потом запрещают маленькой леди дружить с Хотару. Но Чибиуса не слушается их, и её чистое сердце скармливают Хотару, которая превращается в Мессию тьмы. Усаги пытается исцелить Хотару, но вместо этого получается, что Святой Грааль вызывает Фараона Зла и исчезает. Но любовь отца (злой профессор) возвращает Хотару память, и более того — превращают её в Светлую Сейлор Сатурн, последнего воина Системы. Усаги и Сатурн отправляются на сражение и побеждают — правда, Хотару стала очень маленькой, и её берут на воспитание Уран, Нептун и Плутон.

«Сейлор-Мун» (Sailor Moon SuperS; 4 сезон аниме)

Чибиусе снится сон, где она общается с странным крылатым белоснежным конём, который представляется Пегасом. А на Землю под прикрытием солнечного затмения прибывает Цирк Тёмной Луны под командованием Цирконии, которая отправляет своих слуг на поиски Пегаса, на защиту которого встают Усаги и все воины. Пусть враги сильны, но Пегас даёт Усаги новую силу — правда, и превращаться, и атаковать она может только вместе с Чибиусой. Но, как оказывается, ни Трое Глаз, ни Квартет Амазонок (главные слуги Цирконии), ни даже сама Циркония не главные враги девочек — их главный враг правительница Нехеления, которая лелеет мечту быть вечно молодой. Ко всему прочему, Пегас оказывается не просто образованной лошадью, а Гелиосом, хранителем волшебного леса Иллюзиона. Ради исполнения своей мечты Нехеления похищает у Чибиусы её мечту и даже бросает её в пропасть. Но Гелиос, а потом и Усаги спасают Маленькую Леди. В результате Нехеления удалилась, цирк исчез, а Супер Сейлор Мун и Супер Чиби Мун получают новое дополнение к своему «принцесскому» превращению — крылья.

«Сейлор-Мун Сейлор Звёзды» (Sailor Moon Sailor Stars; 5 сезон аниме)

Пятый сезон встречает нас радикально переработанной заставкой с совершенно иной музыкой. В начале сезона выясняется, что предыдущие враги не погибли полностью и необходимо закончить начатое. Но сезон начинается не в этом: вскоре на планету прибывает трое воинов — Сейлор-воинов из другой системы. Они ищут свою принцессу, бежавшую с их родного мира, захваченного Галаксией, разыскивающей звёздные семена и новой целью выбравшей Землю и её защитников. Нехеления уцелела и решила взять реванш за первую попытку. Совместными усилиями при помощи вернувшихся Урана, Нептуна и Плутона, а также Хотару, им удалось обратить Нехелению к свету. Но на этом приключения не заканчиваются. Вновь выросшая Хотару, а точнее Сейлор Сатурн, собирает всех воинов системы для ритуала, где они скидываются силами и Усаги становиться «Вечной Сейлор Мун», получая совершенно новый костюм (трёхслойная юбка, новые сапоги, новая матроска и белоснежные парные крылья за спиной)и новый жезл. Мамору собирается на учёбу в Америку, Усаги провожает его в аэропорт, где он делает ей предложение руки и сердца, на которое она отвечает согласием. Самолёт поднимается в небо, но Мамору не добирается до пункта назначения…Впервые появляется Звёздная Галаксия и пытается отобрать у Мамору звёздное семя хранителя Земли…Он не знает кто она и на что способна, поэтому кидается в бой, но она опережает его и забирает звёздное семя. Умирая, Мамору говорит торжествующей Галаксии что на этой планете он не один и что воины в матросках поставят её на место… В это же время появляются новые герои — три сейлор-воина из другой Системы (Сейлор Звёздная Воитель, Сейлор Звёздная Целитель и Сейлор Звёздная Творец), которые прячутся под видом трёх парней из школы Усаги и являются по совместительству звёздами шоу-бизнеса, а также маленькая новая Воительница Чиби-Чиби. Но с новыми друзьями появляются и новые враги — Сейлор Галаксия, которая отбирает у воинов-сейлоров их звёздные семена, а также её верные слуги. Против врагов у девочек не хватает сил сражаться, но Чиби-Чиби, а потом и все воины ещё раз улучшают трансформацию Усаги. Этими силами Усаги побеждает четырёх слуг Галаксии, а впоследствии и переделывает в добрую саму Галаксию.Усаги плачет о том что осталась одна. Воины, которые были лишены звездных семян защищая принцессу, возрождаются и приходят к ней, так паря в воздухе, они радуются победе и откуда нивозьмись появляется Мамору, с Чиби-Чиби на руках и говорит, что малышка привела его обратно, Усаги кидается к нему на шею и все счастливы.Принцесса старлайтов тоже возродилась, иннеры и Мамору на крыше провожают лайтов домой. Вечером все празднуют победу,аутеры уезжают, Усаги спрашивает у мамору, любит ли он её, ответ да, они счастливы навсегда.